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Die Kritikpunkte sind nur temporär! Das Einlesen dauert so lange, weil die Index-Datei der Version 1.x nicht gelesen werden kann. Sobald Du nur noch mit neuen Backups vergleichst, geht das Einlesen genauso schnell, wie mit Version 1. Setze am Besten die Anzahl der Vergleichsbackups auf 1 runter, dann dauert nur das erste Backup mit Version 2.x länger. Später kannst Du die Anzahl wieder auf 3 hochsetzen (ist aber nicht notwendig).
Warum unveränderte Dateien trotzdem kopiert werden, kann ich nicht so einfach auf die Entfernung sagen. Evtl. stimmen die Änderungsdaten nicht überein. Das könnte man exemplarisch an einer solchen Datei mal nachprüfen (die Änderungszeit zwischen Original und Backup-Datei darf sich um nicht mehr als eine Sekunde unterscheiden; Unix speichert Zeitpunkte nur Sekundengenau, deshalb wird es einen Unterschied geben). Aber auch existiert das Problem nur beim ersten Backup, denn das nächste Backup wird wieder korrekt verlinkt. Generell macht es übrigens Sinn in großen Abständen ein Vollbackup zu ziehen oder zumindest zwei Backup-Platten zu benutzen, damit auch unveränderte Dateien mindestens zweimal im Backup existieren.
Ich kann Dir generell einen Downgrade auf Version 1 nicht empfehlen: Version 2.x ist mindestens so ausgereift wie Version 1 und bietet deutlich mehr Features. Ich pflege auch nur noch Version 2. Die Oberfläche ist moderner und daran scheiden sich ein wenig die Geister; von der Funktionalität her ist hier aber Version 2 auch komfortabler (wenn man mal von der "Vorschau" des Backups absieht; das will ich aber auch noch nachliefern). Deine Kritikpunkte sind - bis auf die Oberfläche - auf jeden Fall dem Umstieg geschuldet. Sobald das Backup mal wieder regelmäßig läuft, wirst Du sie nicht mehr haben und vielleicht danna auch mal die Vorteile zu schätzen wissen. Also gib' Version 2 bitte nochmal eine Chance!
Gruß,
Lupinho.